Предложение грамматически правильное. Вот слегка отредактированный вариант с маленькой пунктуационной правкой:
Когда ты вдыхаешь через нос или рот, воздух проходит через горло, гортань, трахею, бронхи и, наконец, попадает в лёгкие.
Почему так: слово «наконец» в этом месте выступает как вводное/вставное слово, поэтому его обычно выделяют запятыми — поэтому лучше написать «и, наконец, попадает». Всё остальное в предложении оформлено верно.
Проще, для объяснения ребёнку: Когда ты вдыхаешь, воздух идёт из носа или рта через горло и трахею в лёгкие.